Guedj Jérémie

Thèse de doctorat

• Inférence dans les modèles dynamiques de population : applications au VIH et au VHC
  Doctorat en Sciences biologiques et médicales. Épidémiologie et intervention en santé publique · 2006 · Bordeaux 2
  Sous la direction de Thiebaut Rodolphe

Directions de thèse

• A dirigé la thèse de Selma El Messaoudi (2024) — Modeling the long-term dynamics of viral markers to predict combination therapy in chronic HBV and HDV infections
• A dirigé la thèse de Aurélien Marc (2023) — Within-host models of SARS-CoV-2 : the shifting paradigm of viral load and its implication on transmission dynamics
• A dirigé la thèse de Marion Kerioui (2022) — Modèles conjoints multi-niveaux de la dynamique des lésions cibles et de la survie : application à la prédiction de la réponse à l’immunothérapie dans le cancer de la vessie
• A dirigé la thèse de Vincent Madelain (2018) — Modélisation de l’effet du favipiravir sur la dynamique viro-immunologique de la maladie à virus Ebola et implications pour son évaluation clinique
• A dirigé la thèse de Solène Desmée (2016) — Modélisation conjointe de données longitudinales non-linéaires et de données de survie : application au cancer de la prostate métastatique
• A dirigé la thèse de Thi Huyen Tram Nguyen (2014) — Prise en compte de données sous la limite de quantification dans la modélisation de la cinétique virale par des modèles non-linéaires à effets mixtes

Publications scientifiques

• Immune dysregulation through longitudinal lymphocyte trajectories and their clinical determinants in hospitalized COVID-19 patients
  Intensive Care Medicine Experimental · 2026 · avec Lefevre Benjamin, Alexandre Kevin, Artaud-Macari Elise, Assie Jean Baptiste, Auchabie Johann, Auvet Adrien, Azemar Laurène, Bachelard Antoine, Basmaci Romain, Bauer Jules, Benech Nicolas, Bessis Simon, Bitker Laurent, Blot Mathieu, Bodenes Laëtitia, Bouiller Kévin, Braconnier Axelle, Cadoz Cyril, Carlier Nicolas, Catherine François-Xavier, Charpentier Charlotte, Chiarabini Thibault, Chopin Marie-Charlotte, Collins Michaël, Conrad Anne, Courtois Roxane, Cousse Stéphanie, Curlier Elodie, De Montmollin Etienne, Debard Alexa, Decours Romain, Delavigne Karen, Demonchy Elisa, Diamantis Sylvain, Didier Kevin, Dournon Nathalie, Dubee Vincent, Dunand Paul, Enderlé Isabelle, Ferrière Nicolas, Florence Aline-Marie, Fourn Erwan, Gaci Rostane, Gerbaud Morlaes Louis, Goehringer François, Goubert Laure, Granier Pascal, Guery Romain, Guilleminault Laurent, Guimard Thomas, Hentzien Maxime, Hitoto Hikombo, Isnard Margaux, Jung Anna, Khalil Antoine, Kimmoun Antoine, Lachatre Marie, Lacombe Karine, Lacoste Marie, Lambert Marc, Langlois Vincent, Laouenan Cédric, Lariviere Delphine, Lavie-Badie Yoan, Le Fevre Lucie, Le Maréchal Marion, Lefebvre Laurent, Lepiller Quentin, Lesouhaitier Mathieu, Levy Bruno, Lingas Guillaume, Livrozet Marine, Loubet Paul, Machado Moïse, Macheda Gabriel, Mahieu Rafael, Maillet Mylene, Manda Victoria, Mankikian Julie, Manuel Aldric, Merckx Antoine, Mezidi Mehdi, Moyet Julien, Mullaert Jimmy, Nyamankolly Elsa, Pages Justine, Pansu Nathalie, Pastene Bruno, Peelman Florent, Peiffer-Smadja Nathan, Pestre Vincent, Rafiq Marie, Redl Sarah, Resseguier Anne-Sophie, Risso Karine, Robineau Olivier, Roger Claire, Roriz Melanie, Roze Benoît, Salmon-Gandonniere Charlotte, Salvator Hélène, Sarton Benjamine, Schneider Marion, Sibiude Jeanne, Soum Edouard, Stabler Sarah, Tissot Noémie, Truong Jeanne, Vanel Noëmie, Vuotto Fanny et Yelnik Cécile et 1417 autres auteurs
• Efficacy, safety, pharmacokinetics, immunogenicity, and serum neutralizing activity of AZD7442 (tixagevimab-cilgavimab) in patients hospitalized with COVID-19: long-term results from the DisCoVeRy trial
  Clinical Microbiology and Infection · 2026 · avec Massonnaud Clément, Peiffer-Smadja Nathan, Jamard Simon, Goehringer François, Danion François, Lacombe Karine, Tolsma Violaine, Faure Emmanuel, Roger Claire, Loubet Paul et Burdet Charles et 74 autres auteurs
• Exposure history shapes SARS-CoV-2 viral dynamics in Non-Human Primates and provides insights into correlates of protection against infection and transmission
  Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences · 2026 · avec Adrien Mitard de Girardier, Cécile Herate et Romain Marlin et 11 autres auteurs
• Viral and immune dynamics of genital human papillomavirus infections in young women with high temporal resolution
  PLoS Biology · 2025 · avec Bonneau Marine, Nicolas Tessandier, Baptiste Elie et Vanina Boué et 31 autres auteurs
• Effect of Peg-IFN on the viral kinetics of HDV infected patients treated with bulevirtide
  JHEP Reports Innovation in Hepatology · 2024 · avec Leroy Vincent, Selma El Messaoudi, Segolene Brichler et Claire Fougerou-Leurent et 15 autres auteurs
• Tixagevimab-cilgavimab (AZD7442) for the treatment of patients hospitalized with COVID-19 (DisCoVeRy): A phase 3, randomized, double-blind, placebo-controlled trial
  Journal of Infection · 2024 · avec Massonnaud Clément, Jamard Simon, Goehringer François, Danion François, Lacombe Karine, Tolsma Violaine, Faure Emmanuel, Roger Claire, Loubet Paul, Burdet Charles et Peiffer-Smadja Nathan et 74 autres auteurs
• Preclinical in vivo assessment of the activity of AZD7442 anti-SARS-CoV-2 monoclonal antibodies against Omicron sublineages
  Biomedicine and Pharmacotherapy · 2024 · avec Dupont Axelle, Le Bourgeois Amandine, Jacquet Caroline, Cheminant Morgane, Besson Caroline, Jean-Sélim Driouich, Maxime Cochin et Guillaume Lingas et 34 autres auteurs
• Characteristics and outcomes of COVID-19 patients admitted to hospital with and without respiratory symptoms
  Heliyon · 2024 · avec Alexandre Kevin, Artaud-Macari Elise, Assie Jean Baptiste, Auchabie Johann, Auvet Adrien, Azemar Laurène, Basmaci Romain, Bauer Jules, Benech Nicolas, Bessis Simon, Bitker Laurent, Blot Mathieu, Bodenes Laëtitia, Bouiller Kévin, Braconnier Axelle, Cadoz Cyril, Carlier Nicolas, Catherine François-Xavier, Charpentier Charlotte, Chiarabini Thibault, Chopin Marie-Charlotte, Collins Michaël, Conrad Anne, Courtois Roxane, Cousse Stéphanie, Curlier Elodie, De Montmollin Etienne, Debard Alexa, Decours Romain, Delavigne Karen, Demonchy Elisa, Diamantis Sylvain, Didier Kevin, Dinot Vincent, Dournon Nathalie, Dubee Vincent, Dunand Paul, Enderlé Isabelle, Ferrière Nicolas, Florence Aline-Marie, Fourn Erwan, Gaci Rostane, Gerbaud Morlaes Louis, Goehringer François, Goubert Laure, Granier Pascal, Guery Romain, Guilleminault Laurent, Guimard Thomas, Hentzien Maxime, Hitoto Hikombo, Isnard Margaux, Jung Anna, Khalil Antoine, Kimmoun Antoine, Lachatre Marie, Lacoste Marie, Lambert Marc, Langlois Vincent, Laouenan Cédric, Lariviere Delphine, Lavie-Badie Yoan, Le Fevre Lucie, Le Maréchal Marion, Lefebvre Laurent, Lefevre Benjamin, Lepiller Quentin, Lesouhaitier Mathieu, Levy Bruno, Livrozet Marine, Loubet Paul, Machado Moïse, Macheda Gabriel, Mahieu Rafael, Maillet Mylene, Maitre Thomas, Manda Victoria, Mankikian Julie, Manuel Aldric, Merckx Antoine, Mezidi Mehdi, Mouquet Hugo, Moyet Julien, Mullaert Jimmy, Nyamankolly Elsa, Pages Justine, Pansu Nathalie, Pasquier Jérémie, Pastene Bruno, Peelman Florent, Peiffer-Smadja Nathan, Pestre Vincent, Rafiq Marie, Redl Sarah, Resseguier Anne-Sophie, Risso Karine, Robineau Olivier, Roger Claire, Roriz Melanie, Roze Benoît, Saidani Nadia, Salmon-Gandonniere Charlotte, Salvator Hélène, Sarton Benjamine, Schneider Marion, Sibiude Jeanne, Soum Edouard, Stabler Sarah, Tissot Noémie, Trouillon Tiffany, Truong Jeanne, Turmel Jean-Marie, Vanel Noëmie, Vuotto Fanny, Wicky Paul-Henri et Yelnik Cécile et 1741 autres auteurs
• Antiviral capacity of the early CD8 T-cell response is predictive of natural control of SIV infection: Learning in vivo dynamics using ex vivo data
  PLoS Computational Biology · 2024 · avec Millet Antoine, Bharadwaj Vemparala, Vincent Madelain et Caroline Passaes et 8 autres auteurs
• At-admission prediction of mortality and pulmonary embolism in an international cohort of hospitalised patients with COVID-19 using statistical and machine learning methods
  Scientific Reports · 2024 · avec Alexandre Kevin, Artaud-Macari Elise, Assie Jean Baptiste, Auchabie Johann, Auvet Adrien, Azemar Laurène, Basmaci Romain, Bauer Jules, Benech Nicolas, Bessis Simon, Bitker Laurent, Blot Mathieu, Bodenes Laëtitia, Bouiller Kévin, Braconnier Axelle, Cadoz Cyril, Carlier Nicolas, Catherine François-Xavier, Charpentier Charlotte, Chiarabini Thibault, Chopin Marie-Charlotte, Collins Michaël, Conrad Anne, Courtois Roxane, Cousse Stéphanie, Curlier Elodie, De Montmollin Etienne, Debard Alexa, Decours Romain, Delavigne Karen, Demonchy Elisa, Diamantis Sylvain, Didier Kevin, Dinot Vincent, Dournon Nathalie, Dubee Vincent, Dunand Paul, El Sanharawi Mohamed, Enderlé Isabelle, Ferrière Nicolas, Flateau Clara, Florence Aline-Marie, Fourn Erwan, Gaci Rostane, Gault Nathalie, Gerbaud Morlaes Louis, Goehringer François, Goubert Laure, Granier Pascal, Guellec Dewi, Guery Romain, Guilleminault Laurent, Guimard Thomas, Hentzien Maxime, Hitoto Hikombo, Illes Hajnal-Gabriela, Isnard Margaux, Jaquet Pierre, Jung Anna, Khalil Antoine, Kimmoun Antoine, Lachatre Marie, Lacoste Marie, Lambert Marc, Langlois Vincent, Laouenan Cédric, Lariviere Delphine, Lavie-Badie Yoan, Le Fevre Lucie, Le Maréchal Marion, Le Turnier Paul, Lefebvre Laurent, Lefevre Benjamin, Lesouhaitier Mathieu, Levy Bruno, Livrozet Marine, Loubet Paul, Machado Moïse, Macheda Gabriel, Mahieu Rafael, Maillet Mylene, Maitre Thomas, Manda Victoria, Mankikian Julie, Manuel Aldric, Merckx Antoine, Mezidi Mehdi, Mouquet Hugo, Moyet Julien, Mullaert Jimmy, Nyamankolly Elsa, Pages Justine, Pansu Nathalie, Pasquier Jérémie, Pastene Bruno, Patrier Juliette, Peelman Florent, Peiffer-Smadja Nathan, Pestre Vincent, Pierobon Carola, Rafiq Marie, Redl Sarah, Resseguier Anne-Sophie, Risso Karine, Robineau Olivier, Roger Claire, Romaru Juliette, Roriz Melanie, Rousset Stella, Roze Benoît, Saidani Nadia, Sallaberry Stéphane, Salmon-Gandonniere Charlotte, Salvator Hélène, Sarton Benjamine, Schneider Marion, Sibiude Jeanne, Soum Edouard, Stabler Sarah, Tissot Noémie, Trioux Théo, Trouillon Tiffany, Truong Jeanne, Turmel Jean-Marie, Vanel Noëmie, Vuotto Fanny, Wicky Paul-Henri et Yelnik Cécile et 1541 autres auteurs

… et 40 autres publications référencées.